有機肥料無害化處理的堆、漚方法也很多，如EM堆腐法、自製發酵催熟堆腐法和工廠化無害化處理等。

EM堆腐法

EM是一種好氧和嫌氧有效微生物群，主要由光合細菌、放線菌、酵母菌和乳酸菌等組成，在農業和環保上有廣泛的用途。家庭農場定製它具有除臭、殺蟲、殺菌、淨化環境和促進植物生長等多種功能。用它處理人、畜糞便作堆肥，可以起到無害化作用。其具體方法如下：

　　（1）購買EM原液。然後，按清水100毫升和蜜糖或紅糖20--40克、M酪100毫升、燒酒（含酒精30%～35%）100毫升和EM原液50毫升的配方，配製成備用液。

　　（2）將人、畜糞便風幹至含水量為30%~40%。

　　（3）取稻草、玉米稈和青草等，切成長1、5厘米的碎料。加少量米糠拌和均勻，作堆肥時的膨鬆物。

　　（4）將稻草等膨鬆物與糞便按重量10：100混合攪拌均勻，並在水泥地上鋪成長約6米、寬約1、5米、厚20~30厘米的肥堆。

　　（5）在肥堆上薄薄地撒上一層米糠或麥麩等物，然後再灑上EM備用液，每1000千克肥料灑1000~1500毫升。

　　（6）按同樣的方法，在上麵再鋪第二層。每一堆肥料鋪3-5層後，上麵蓋好塑料薄膜發酵。麥芽菜催芽機當肥料堆內溫度升到45℃～50℃時翻動一次。一般要翻動3～4次才能完成。完成後，一般肥料中長有許多白色的黴毛，並有一種特別的香味，這時就可以施用。一般夏天要7～15天才能處理好，春天要15~25天，冬天則更長。肥料中水分過多會使堆肥失敗，產生惡臭味。各地要根據具體條件，反複試驗、摸索才行。